我国海上运输存在主要问题有：
- 海上运输安全风险高。海上运输受到自然灾害、海盗、恐怖主义等多种因素的威胁，导致货物损失、船舶事故、人员伤亡等严重后果。
- 海上运输效率低下。海上运输的速度受到船舶性能、航线选择、港口通关等多种因素的制约，导致货物运输周期长、成本高、服务质量差。
- 海上运输环境污染严重。海上运输的船舶排放大量的二氧化碳、硫氧化物、氮氧化物等温室气体和污染物，对海洋生态系统和全球气候变化造成不利影响。
针对以上问题，我国海上运输应该采取以下措施：
- 加强海上运输安全管理。建立健全海上运输安全法规和标准，加强船舶安全检查和监督，提高船员素质和应急能力，加强国际合作和信息共享，打击海上犯罪活动。
- 提高海上运输效率和质量。推进海上运输技术创新和装备更新，优化海上运输航线和网络，完善海上运输服务体系和市场机制，简化海上运输相关的行政审批和手续，提升海上运输的速度、可靠性和灵活性。
- 降低海上运输环境影响。实施海上运输绿色发展战略，推广使用清洁能源和低排放技术，加强船舶废弃物的收集和处理，加大对海洋环境保护的投入和支持，提高海洋环境意识和责任感。