非法运输船舶是指没有得到政府批准运输海运货物的船只，这些非法船只不仅给经济带来损失，而且还可能导致环境和人员安全问题。为了保护海洋生态环境和人们的生命财产安全，对于非法运输船舶必须采取严格的处理措施。
首先，当发现有非法运输船舶时，应该立即报告海事部门并要求停止该船的运输活动。同时，海事部门还可以通过卫星定位等技术手段对其进行跟踪监管并抓捕非法运输船舶上的人员。
其次，对于驾驶非法运输船舶的人员，应该依法予以严肃处理，包括对其处以罚款、吊销执照等惩罚措施，以起到警示作用。对于非法运输船舶的船主、代理人等相关责任人员，同样应该依法追究责任。
第三，需要采取物理限制措施，如设立障碍，限制非法船只进出港口等，以防止非法船只再次出海运输。在这一方面，国家可以采取多种手段加强监管，如加装安检设备等，让整个监管体系更加完善。
第四，加强海事执法力度，对于经常从事非法运输的船舶，可以进行重罚，甚至可能需要扣押非法船只等物资，以严厉打击违法行为。同时，加大海事执法力度也能够提高公众意识，让更多人意识到海洋保护的重要性。
最后，加强公共教育和宣传。海洋保护是全民的责任，需要全社会共同努力。政府应该加大宣传力度，普及海洋保护理念，并加强对全民的教育力度，让更多人了解海洋保护的重要性。只有公众意识到海洋保护的重要性，才能有更多人配合海事执法机构做好海洋环境的保护工作。
总之，在处理非法运输船舶的问题时，需要采取多种手段，防止非法船只再次出海运输，加强海事执法力度，同时也要加强宣传教育，共同做好海洋保护工作。