海上运输企业税率是指海上运输企业在中国境内缴纳的所得税和增值税的比例。海上运输企业税率的制定和调整，既要考虑国家财政收入的需要，又要考虑海上运输行业的发展和国际竞争力的提高。本文将从以下几个方面分析海上运输企业税率的现状和问题，以及未来的改革方向。
首先，海上运输企业所得税率目前为25%，与一般工商企业相同。这一税率较高，导致海上运输企业的税负重，影响其盈利能力和投资意愿。同时，与国际上主要海事国家的所得税率相比，中国的海上运输企业所得税率也处于较高水平，不利于提升中国船舶的国际竞争力。
其次，海上运输企业增值税率目前为6%，与一般服务业相同。这一税率较低，有利于减轻海上运输企业的税负，促进其发展。但是，由于增值税是一种流转税，海上运输企业在境外收入的增值税征收存在较大困难，导致其境外收入的实际税负较高。此外，增值税也存在抵扣链断裂、出口退税难等问题，影响海上运输企业的正常经营。
综上所述，海上运输企业税率存在一些不合理和不公平的地方，需要进一步改革和完善。改革的方向应该是：一是降低海上运输企业所得税率，使之与国际水平接轨，提高中国船舶的国际竞争力；二是优化海上运输企业增值税制度，解决境外收入征收、抵扣、退税等问题，减轻海上运输企业的实际税负；三是建立海上运输企业综合性的优惠政策，包括免征关税、船舶登记费、港口建设费等，鼓励海上运输企业扩大规模、更新设备、提高效率。