WTO所秉持的基本原则包括以下5个：
(1)非歧视待遇原则 非歧视待遇原则，义称无差别待遇原则，它要求缔约双方在实施某种优惠和限制措施时，不要对缔约对方实施歧视待遇。在WTO中，非歧视待遇原则由最惠国待遇和国民待遇条款体现出来。
①最惠国待遇：平等对待他人。所谓最惠国待遇就是缔约一方现在和将来给予任何其他第三方的任何优惠、特权都必须自动、无条件地给予缔约另一方。WTO协议规定，成员间不能歧视性地对待它们的贸易伙伴。WTO某成员一旦授予某些国家一项特殊优惠(例如给予某种产品更低的关税)，就必须给予所有其他成员。换而言之，就是“Favour one，favourall”(优惠一个国家，就必须优惠全部国家)。
②国民待遇：平等对待外国人和本国国民。WTO规定，进口产品和本地生产的产品应该受到同等的待遇，而且至少应该在外国产品进入进口国市场之后给予同等待遇。对于外国和本土的服务、商标、版权和专利也应该享受同等的待遇。
(2)贸易自由化原则：通过谈判逐渐降低贸易壁垒 降低贸易壁垒，消除贸易扭曲，是促进国际贸易自由流动的主要措施之一。贸易壁垒不仅包括关税措施，还包括一切存在贸易效应的非关税措施。 本原则要求各成员通过谈判逐渐降低贸易壁垒，开放市场，促进商品与服务的自由流动。对于各个成员来说，就是削减关税，控制非关税壁垒措施的实施。但是，贸易自由化并不意味着完全的自由贸易，而是在某些情况下允许一定程度的保护。另外，WTO要求一般取消数量限制，禁止出口补贴，但是在农产品、纺织品领域还存在不少例外。
(3)可预见性原则：通过约束和透明度原则来实现 WTO各成员承诺不会无故地提高贸易壁垒有助于提供一个清晰的、透明的商务环境。在WTO中，当成员同意开放其商品或服务市场时，他们就受到了自己的承诺的约束。对于货物贸易来说，这些约束就是承诺关税税率的上限，也就是说成员征收的关税税率不会高于自己的承诺水平，但允许降低。一旦成员要求改变约束的关税税率，它必须与其他成员协商之后，才有可能采取。 除关税约束之外，WTO的多边贸易体系也通过其他方式改进自己的可预见和稳定性。方法之一是减少使用配额和其他措施来设立进口数量限制；另一种方法是使成员的贸易规则尽量清晰和公开，也就是保证透明度。许多WTO协议要求成员政府公开其政策，既可以在国内公开，也可以通知WTO。WTO贸易政策审议机制对成员贸易政策的常规监督也鼓励各成员政策的透明。
(4)鼓励公平竞争原则 WTO并是一个“自由贸易”机构，因为WTO所管理的多边贸易体系确实允许进行关税保护，在某些情况下也允许其他形式的保护。因此准确地说，WTO是一个致力于公正、公平和无扭曲竞争的贸易体系。 非歧视原则，包括最惠国待遇和国民待遇原则设立的目的之一就是寻求公平的贸易条件。WTO的《反倾销协议》、《补贴和反补贴协议》都是针对存在不公平竞争行为时，进口国遭受损害的情况达成的成员共识。其他许多WTO协议中也都有支持公平竞争的内容，例如农业、知识产权、服务方面的协议。政府采购协议(是一个诸边协议，只有部分WTO成员签署)将竞争规则拓展到成千上万政府机构的采购之上。
(5)鼓励发展和经济改革原则 WTO鼓励发展，因此允许发展中国家在履行协议内容时拥有更大的弹性。同时WTO的协议一般都继承了GATT对发展中国家提供特殊援助和贸易减让的条款。 考虑到发展中国家成员的具体利益和要求，WTO确立了对发展中国家成员的特殊待遇原则。这包括允许发展中国家成员的市场保护程度可以高于发达国家成员；通过“授权条款”规定各成员可以给予发展中国家成员差别及更加优惠的待遇，而不必将这种待遇延伸到其他成员；GSP制度的存在为发展中国家的工业制成品出口提供了单方面的优惠待遇；在知识产权协议的实施方面，发展中国家有更长的时间安排；在争端解决机制方面，也要求WTO秘书处对发展中国家提供技术援助和法律援助。