船舶运输是一个复杂而又跨部门的行业，涉及到多个政府机构和私人企业。在中国，船舶运输主要由交通运输部门管理，但实际上，还牵涉到海关、海事、船舶检验等多个方面的管理。
在交通运输部门中，海事局和港口管理局通常是主管船舶运输管理的机构，他们负责制定、实施和监督全国的航运政策和规划。他们的任务是确保船舶安全从而保护人员、财产和生态环境。这意味着对于各种类型的船只，都必须有一套严格的管理办法，包括船舶安全建设、安全航行监督等内容。
海关在船舶运输行业中扮演着极其重要的角色。海关负责管理港口和码头进出口的货物，确保货物按照规定的方式进出口，并检查是否有违规行为。他们还会检查船只和货物是否符合入境要求，如果发现问题，海关有权扣留违法货物和罚款。
此外，船舶检验和认证机构也是船舶运输行业中的重要管理机构。他们对船只进行检验和认证，以确保船只符合安全性能要求。如果船只不合格，船只所有人必须进行修复和改造。检验和认证机构也会对船舶从业人员进行考核，以确保他们具备适当的技能和知识。
总的来说，船舶运输涉及到多个管理机构的协作，理解并掌握各个管理机构的职责和作用对船舶运输行业的稳定运行至关重要。政府机构应该加强合作和协调，通过协作，共同推动船舶运输行业健康、稳定和可持续发展。