船舶运输是一个与国家经济密切相关的行业，在我国属于政府行业的管辖范围之内，但是具体的部门管理并不是那么固定。因为涉及到多个方面的问题，不同的部门都有可能参与管理。
一方面，船舶运输涉及到海事安全等方面的问题，因此，由国家海事局等有关部门进行管理是很自然的选择。这些部门不仅需要对于船舶的安全管理有严格要求，还要对于船员的资质、装备和基本操作进行监管，确保每个环节都符合相关规定。海事管理属于地方政府职责之一，因此，不同地区海事局的具体职责和管理方式可能存在些许差别。
另一方面，船舶运输也需要与港口建设部门进行密切合作。港口是将船舶与陆地之间联系起来的纽带，同时也需要保障货物在运输中安全、快捷、高效地流通。港口可以由交通运输部门管理，也可能由地方政府进行管理。总体上，港口与航运之间的联系密切，因此这些部门之间在项目开发和执行中都会紧密协作。
除此之外，在货物的多式联运方面，船舶运输也可能与铁路、公路等部门进行紧密的协作。这也需要各部门之间进行信息共享和资料交流，以更加高效地解决问题，以确保货物的安全，快速地运达目的地。
在总体上来看，船舶运输属于多部门共同协作的范畴，涉及到国家经济发展和安全运营的多个方面。因此，不同的部门需要充分考虑，协同工作，以确保船舶运输业在实践中能够取得良好的发展和高效运营。