一、怎么申请国际货物运输代理服务免征增值税？
（1）试点纳税人提供国际货物运输代理服务，向委托方收取的全部国际货物运输代理服务收入，以及向国际运输承运人支付的国际运输费用，必须通过金融机构进行结算。 （2）试点纳税人为大陆与香港、澳门、台湾地区之间的货物运输提供的货物运输代理服务参照国际货物运输代理服务有关规定执行。 （3）委托方索取发票的，试点纳税人应当就国际货物运输代理服务收入向委托方全额开具增值税普通发票。纳税人到税务部门填写《纳税人减免税备案登记表》后就可以享受免征增值税优惠。
二、以船舶运输为主的国际多式联运经营人的特点是？
船舶运输为主的国际多式联运经营人的特点是：
责任统一，手续简便;
节省费用，降低运输成本;
减少中间环节，时间缩短，运输质量提高;
运输组织水平提高，运输更加合理化;
实现门对门运输;
其他(从政府角度来看，发展国际多式联运具有以下重要意义:利于加强政府对整个货物运输链的监督与管理;保证本国在整个货物运输过程中获得较大的运费收入比例;有助于引进新的先进运输技术;减少外汇支出;改善本国基础设施的利用状态;通过国家的宏观调控与指导职能保证使用对环境破坏最小的运输方式达到保护本国生态环境的目的)。
三、试点纳税人提供的国际货物运输代理服务免征增值税对吗？
根据《财政部国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税[2013]106号附件三）《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》的规定：试点纳税人提供的国际货物运输代理服务免征增值税。
1．试点纳税人提供国际货物运输代理服务，向委托方收取的全部国际货物运输代理服务收入，以及向国际运输承运人支付的国际运输费用，必须通过金融机构进行结算。
2．试点纳税人为大陆与香港、澳门、台湾地区之间的货物运输提供的货物运输代理服务参照国际货物运输代理服务有关规定执行。
3. 委托方索取发票的，试点纳税人应当就国际货物运输代理服务收入向委托方全额开具增值税普通发票。
4．本规定自2013年8月1日起执行。2013年8月1日至本规定发布之日前，已开具增值税专用发票的，应将专用发票追回后方可适用本规定。
因此，若企业满足上述文件规定的条件，提供国际货运代理服务可以免征增值税。
四、国际货运代理公司开进来的运输代理费增值税专用发票进项税可以抵扣吗？
很高兴回答你的问题。
可以抵扣的。